بیماری پیوند در برابر میزبان یک پاسخ ایمنی به یک بدن بیگانه است. در این بیماری، بدن بیگانه سلول‌های اهدا کننده نیست بلکه سلول‌های خود فرد گیرندۀ پیوند است.
بیمارانی که برای برخی انواع سرطان تحت درمان قرار دارند گاهی از اوقات همراه شیمیدرمانی یا اشعهدرمانی تحت پیوند سلول بنیادی نیز قرار میگیرند. سلول‌های بنیادی سالم یا از خود فرد بیمار یا از اهداء کننده گرفته می‌شود. پیوند آلوژنیک فرآیندی است که در آن سلول‌های گرد آمده از اهدا کنندۀ سالم فاقد ابتلاء به سرطان که با نوع بافت فرد بیمار همخوانی دارد، گرفته می‌شود. اغلب اوقات اهداء کننده از جملۀ خویشاوندان نزدیک بیمار مثل خواهر یا برادر اوست. استفاده از اهدا کننده برای پیوند سلول بنیادی باعث بروز اختلالی می‌شود که آن را اثر پیوند در برابر میزبان سرطان مینامند، که در آن سلول‌های بنیادی گرفته شده از اهدا کننده (گرافت) می‌تواند به تمامی سلول‌های سرطانی موجود در بدن گیرنده (میزبان) حمله کند.
